गगन थापासम्बन्धी विषयमा विभिन्न नेताहरूको धारणा प्रष्ट देखिएको छ। कोशी प्रदेशका पूर्वमुख्यमन्त्री केदार कार्कीले कांग्रेस महामन्त्री गगन थापाको नाम नलिएर सार्वजनिक रूपमा आलोचना गरेका छन्। बिराटनगरमा मंसिर १८ गते शेखर समूहद्वारा आयोजित पालिका सभापतिहरुको भेलामा कार्कीले थापालाई कांग्रेसको विधान पढ्न सुझाव दिँदै, हिसाब गर्न नसक्ने भए क्याल्कुलेटर पठाउने चुनौती दिएका थिए। उनले थापाको नेतृत्वमाथि व्यंग्य गर्दै कांग्रेसको विधानअनुसार काम गर्नुपर्ने तर्क प्रस्तुत गरेका थिए।

महामन्त्री थापा र शेखर कोइरालाबीचको सम्बन्ध बिग्रनुका कारणबारे व्याख्या गरिन्छ कि थापाको स्वभावले सहकार्यलाई लामो समय टिक्न नदिने प्रवृत्ति देखाएको छ। आफ्नो अनुकूलता र स्वार्थका लागि थापाले सम्बन्ध बनाउने र अवसर समाप्त भएपछि दूरी बनाउने प्रवृत्ति रहेको धेरैले दाबी गरेका छन्। शेखर कोइरालाले थापालाई साथ दिएर ठूलो बनाएको भए पनि थापाले उनीहरूलाई उछिन्ने भ्रम पालेको धेरैको धारणा छ।

यस्तै, गगन थापाको नेतृत्व र राजनीतिक सोचलाई लिएर आलोचना गर्दै धेरैले भनेका छन् कि कांग्रेसको विधान बमोजिम काम गर्नुपर्छ भन्ने थापाको भनाइ व्यवहारमा लागू भएको देखिँदैन। थापाले विधानको ज्ञान बिना नै आफ्नो व्यक्तिगत लोकप्रियता बढाउन खोजेको तर्क प्रस्तुत गर्दै  कांग्रेसभित्र विधान र विधिको पालना हुनुपर्ने आवश्यकतामा धेरैले  जोड दिएका छन्।

थापाले अहिले कांग्रेस सभापति शेरबहादुर देउवा र देउवाकी पत्नी आरजु देउवासँग राम्रो सम्बन्ध बनाउन लागि परेको चर्चा छ।